液质联用仪主要应用于药物代谢及药物动力学研究、临床药理学研究、天然药物（中草药等）开发研究、新生儿筛选、蛋白与肽类的鉴定、残留分析、毒物分析、环境分析－环保、食品、自来水、卫生防疫等行业。液质联用仪的灵敏度高，通量性能好——优异的高流量性能、降低的离子抑制效应、自清洁离子源探针设计和可靠的接口设计，加速了分析速度；使用更简便。
液质联用仪利用在线样品制备技术将分析时间从数天缩短至数分钟。利用TraceFinder软件的内置方法简化分析方法开发过程。利用高分辨准确质量数进行目标与非目标化合物的定量与定性检测。内置SRM条件适用于农药，药物和个人护理产品的分析。离子化接口，直至采用了大气压电离（API）技术之后，才发展成为可常规应用的重要分离分析方法。液质联用仪中常用有大气压电喷雾电离源（ESI）和大气压化学电离源（APCI），两者同属于大气压电离（API）技术，其离子化过程发生在大气压下，这与气质中采用在真空下电离的技术有本质不同。
液质联用仪功能用途,将液质联用仪与质谱仪耦合到一起，有机混合物通过液相色谱仪分离后依次进入质谱仪进行检测。用于未知化合物的结构分析和定量，临床、法医、毒理、天然产物分析，蛋白质组学、生物大分子测定等。
液质联用仪它在许多方面采用了新的设计，比如四极杆、真空系统、质谱的倍增器、电离源位置等等，得到性能好但体积小的液质联用仪，具有子离子扫描、母离子扫描、中性丢失扫描和MS/MS扫描功能，对于目标化合物分析、药物代谢分析、新生儿筛选、农药农残、环境污染分析等提供高灵敏度和选择性的分析手段。丰富的知识,核心的体会.
